Dnia 1 lipca 1990 roku ksiądz Biskup Warmiński Edmund Piszcz utworzył nową parafię w Mikołajkach pod wezwaniem św. Mikołaja, z zaznaczeniem konieczności budowy nowego kościoła. Dzieło to rozpoczął ks. Jarema Sykulski, tworząc struktury administracyjno – duszpasterskie nowej parafii. Sprawa nie była łatwa ze względu na zdziwienie i niechęć mieszkańców Mikołajek do budowy nowego kościoła.

Osobista kultura, optymizm oraz zapał księdza Jaremy przełamał szybko wszelkie lody niechęci.

Szybko stworzono tymczasową kaplicę drewnianą, zaadaptowano budynek po garażach Urzędu Wojewódzkiego na kaplicę w Tałtach pod wezwaniem Matki Bożej Miłosierdzia. Tworzona atmosfera dawała wielkie szanse na budowę nowego kościoła w Mikołajkach.

Następca księdza Jaremy, ks. Stanisław Czaplicki, kontynuował pracę duszpasterską, natomiast sprawa budowy kościoła stanęła mimo jego starań w martwym punkcie. W marcu 1996 roku został mianowany nowym proboszczem ks. Andrzej Bryg.

Dnia 13 maja 1998 roku rozpoczęto po wielu staraniach budowę nowej świątyni. Wielu na nowo uwierzyło w możliwość wybudowania tej świątyni.

Duże grono parafian poprzez swoją pracę społeczną włączyło się w dzieło budowy nowej świątyni. Cały czas prowadzone jest systematyczne duszpasterstwo pozwalające łączyć wiernych ze swoją parafią. Istnieją grupy formacyjne dla dzieci: Dziewczęca Służba Maryi, Ministranci; dla młodzieży: Katolickie Stowarzyszenie Młodzieży; dorosłych: Koło Przyjaciół Radio Maryja, Parafialny Klub Rekreacyjno-Sportowy, Wspólnoty Różańcowe, Starsza Służba Liturgiczna; Akcja Katolicka; Nieustanna Nowenna UczniówJezusa; Parafialny Zespół Caritas.

Adres: ul. Ks. Jerzego Popiełuszki 1, 11 – 730 Mikołajki